Afdeling Q introducerer læserne for Carl Mørck, en kriminalinspektør hos Københavns Politi, som efter en traumatisk skudepisode bliver overført til den nyoprettede afdeling for uopklarede sager. Hændelsen har efterladt ham både fysisk og psykisk mærket, og han fjernes derfor fra aktiv efterforskning og får til opgave at gennemgå gamle, henlagte sager. Modvilligt bliver han sat sammen med den ressourcestærke og gådefulde assistent Assad. Deres første sag drejer sig om Merete Lynggaard, en lovende ung politiker, der forsvandt sporløst for flere år siden under en færgetur. Selvom Carl i starten viser manglende engagement, vækkes hans interesse af sagens mange ubesvarede spørgsmål, og han beslutter sig for at finde sandheden.
Efterhånden som efterforskningen skrider frem, afdækker Carl og Assad uhyggelige spor af langvarig tilfangetagelse, psykisk tortur og en nøje planlagt forbrydelse. Fortællingen veksler mellem nutidens opklaringsarbejde og tilbageblik, der afslører Meretes rædselsvækkende oplevelser i fangenskab. Undervejs må Carl og Assad overvinde bureaukratiske benspænd og kæmpe med deres egne indre dæmoner, mens de forsøger at opklare mysteriet. Romanen forener elegant spænding, psykologisk dybde og sort humor og danner et stærkt og fængende udgangspunkt for Afdeling Q-serien.