Ternet Ninja følger historien om 13-årige Alex, en genert og mobbet dreng, der finder en usandsynlig allieret i form af en magisk ternet ninjadukke. Dukken kommer til live og slår sig sammen med Alex for at hjælpe ham med at stå op imod sine plagsomme mobbere i skolen og navigere gennem ungdommens udfordringer. Men ninjaen er ikke bare en legesyg beskytter - den drives også af et mystisk ønske om hævn, da den søger at gøre regnskab op med en farlig kriminel. Efterhånden som venskabet mellem Alex og ninjaen vokser, bliver de viklet ind i et spændende eventyr, der blander humor, action og hjertevarme øjeblikke.
Efterhånden som handlingen udfolder sig, opdager Alex, at ninjaens hævntogt er knyttet til en ondskabsfuld plan, der involverer børnearbejde og korruption i modeindustrien. Sammen må Alex og ninjaen overliste skurkene og afsløre sandheden, mens Alex lærer vigtige lektier om mod, venskab og at stå op for det, der er rigtigt. Filmen balancerer let komedie med dybere temaer, hvilket gør den både underholdende og meningsfuld for publikum i alle aldre.
